2029年3月某日某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵众多外国使节及其同侪眷属沦为人质事态十万火急草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下并制定了周密的营救计划谁知当一切都按部就班进行之时意外突然发生与此同时距离大使馆不远的一座摩天大楼内日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生经过缜密追查素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系危机当前阴谋悄然复出水面…… 　　本片根据士郎正宗的同名原作改编系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品